利用正交设计优化小苍兰ISSR-PCR反应体系

doi:10.7525/j.issn.1673-5102.2008.04.005

植物研究 ›› 2008, Vol. 28 ›› Issue (4): 402-407.doi: 10.7525/j.issn.1673-5102.2008.04.005

利用正交设计优化小苍兰ISSR-PCR反应体系

周凌瑜;吴晨炜;唐东芹;宋会书;刘群录^*

(上海交通大学农业与生物学院园林科学与工程系，上海　200240)

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-07-20 发布日期:2008-07-20
通讯作者: 刘群录
基金资助:

Optimization for ISSR-PCR System of Freesia refracta Klatt Through Orthogonal Design

ZHOU Ling-Yu;WU Chen-Wei;TANG Dong-Qin;SONG Hui-Shu;LIU Qun-Lu*

(School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiao Tong University,Shanghai　200240)

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2008-07-20 Published:2008-07-20
Contact: LIU Qun-Lu
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摘要/Abstract

摘要： 通过L₁₆(4⁵)正交试验，研究了镁离子浓度、dNTP浓度、模板DNA浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度这5个因素在4个水平上对ISSR-PCR的影响，建立了适合于小苍兰ISSR-PCR的反应体系。优化体系为：25 μL PCR反应体系中含有1×Taq酶缓冲液(10 mmol·L^-1 KCl，8 mmol·L^-1(NH₄)₂SO₄，10 mmol·L^-1 Tris·HCl，pH 9.0，0.05% NP-40)，2 mmol·L^-1 MgCl₂，0.06 U·μL^-1 Taq酶，0.4 μmol·L^-1引物，4.0 ng·μL^-1模板DNA，dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0.6 mmol·L^-1。利用温度梯度PCR，确定了最适宜的退火温度为51.5℃。该优化体系的建立为下一步对小苍兰进行ISSR分子标记奠定了基础。

关键词: ISSR-PCR, 小苍兰, 优化, 正交设计

Abstract:

The effects of various factors on ISSR-PCR reaction, such as concentration of Mg²⁺, dNTPs and primers, DNA template and Taq DNA polymerase, were investigated to optimize the ISSR-PCR reaction system of Freesia refracta through orthogonal tests. The optimized ISSR-PCR system of F. refracta incloded 1×Taq DNA polymerase buffer (10 mmol·L^-1 KCl, 8 mmol·L^-1(NH₄)₂SO₄, 10 mmol·L^-1 Tris·HCl, pH 9.0, 0.05% NP-40), 2 mmol·L^-1 MgCl₂, 0.06 U·μL^-1 Taq DNA polymerase, 0.4 μmol·L^-1 primer, 4.0 ng·μL^-1 DNA template, 0.6 mmol·L^-1 dNTPs in 25 μL PCR reaction system. By temperature gradient PCR, the optimum annealing temperature was determined as 51.5℃. The optimized system laid the groundwork for ISSR molecular analysis of F. refracta.

Key words: ISSR-PCR, Freesia refracta Klatt, optimization, orthogonal design

中图分类号:

周凌瑜;吴晨炜;唐东芹;宋会书;刘群录*. 利用正交设计优化小苍兰ISSR-PCR反应体系[J]. 植物研究, 2008, 28(4): 402-407.

ZHOU Ling-Yu;WU Chen-Wei;TANG Dong-Qin;SONG Hui-Shu;LIU Qun-Lu*. Optimization for ISSR-PCR System of Freesia refracta Klatt Through Orthogonal Design[J]. Bulletin of Botanical Research, 2008, 28(4): 402-407.

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利用正交设计优化小苍兰ISSR-PCR反应体系

Optimization for ISSR-PCR System of Freesia refracta Klatt Through Orthogonal Design

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