摘要： 目的：明确2种兰科小红门兰属植物叶绿体基因组中密码子的使用偏好性，并探索其影响因素。方法：采用CodonW、CUSP、SPSS等软件，对2种兰科小红门兰属药用植物叶绿体基因组中的密码子进行选择分析。结果：通过对2种小红门兰属药用植物分析，发现2个物种叶绿体基因组密码子中的GC含量为35.8%～37.3%，有效密码子数目为47.10%～47.79%，表明其密码子偏好性较弱。中性绘图、ENC-plot、PR2-plot等研究结果显示，选择和突变是影响2种小红门兰属药用植物叶绿体基因组密码子使用偏好性的主要因素。通过比较相对同义密码子使用度RSCU值和ENC值，获得了65个最优密码子。2种小红门兰属药用植物密码子偏好使用A/T结尾，表明其密码子使用偏好性在很大程度上是由自然选择决定的。对其叶绿体基因组密码子的使用偏好性进行分析，并通过外类群聚类法进行验证，最终确定影响小红门兰属植物基因组密码子偏好的关键因子有9种：GUU、UCA、CCA、ACA、UAA、GAU、UGU、AGA、AGG。结论：本研究可为小红门兰属植物叶绿体基因组异源蛋白表达载体的构建与优化提供理论依据。

关键词: 小红门兰属, 密码子偏好性, 最优密码子, 自然选择

中图分类号: 

• Q943.2