系统发育基因组学是由系统发育研究和基因组学相结合产生的一门崭新的交叉学科。近年来，在植物系统发育研究中，基于叶绿体基因组的系统发育基因组学研究优势渐显端倪，为一些分类困难类群的系统学问题提出了解决方案，但同时也存在某些问题。本文结合近年来叶绿体系统发育基因组学研究中的一些典型实例，讨论了叶绿体系统发育基因组学在植物系统关系重建中的价值和应用前景，并针对其存在问题进行了探讨，其中也涉及了新一代测序技术对叶绿体系统发育基因组学的影响。
含WD重复功能域的蛋白能够参与信号传导、转录调控、RNA剪切、细胞的凋亡等多种功能，在病原菌与寄主植物蛋白互作的过程中扮演着重要的角色。本研究分析了稻瘟病菌基因组中94个WD功能域基因编码区和调控区中SSR的组成、分布，并检测了7个蛋白编码区中SSR的变异及其对蛋白二级结构的影响。结果表明，WD功能域基因的编码区和调控区中都含有大量的SSR，但是SSR在这些基因的外显子区、内含子区、5′UTR和3′UTR区中SSR的组成和分布均不相同；编码区中三碱基和六碱基SSR分布较多，这些SSR基序大都表现为GC含量较高和其所编码的亲水性氨基酸出现的频率远远高于疏水性氨基酸的特点。且检测的7个WD功能域基因的编码区中的SSR位点均具有丰富的多态性，通过Antheprot(DPM)软件预测发现：SSR的变异对蛋白的二级结构有一定影响。这暗示着SSR的变异对致病相关基因的变异起着十分重要的作用。
以前报道了雄性育性下降突变体ms1516，而且图位克隆的方法已将突变基因MS1516定位到拟南芥基因组第3条染色体上28kb的区间内。本文通过进一步的生物信息学分析，发现该定位区间内有一个与减数分裂有关的基因AtATM，而且等位实验结果表明ms1516和atm3是等位突变体。细胞学分析结果表明，ms1516突变体在花药发育过程中产生多个不均等的小孢子，而且大多数的小孢子不能发育成成熟的花粉。DAPI染色的结果显示小孢子母细胞减数分裂过程中，染色体不能正常分离，对成熟花粉的扫描电镜观察结果发现突变体多数花粉形态异常。以上结果说明MS1516基因在小孢子形成和发育过程中具有重要作用。
细菌来源的群体感应信号分子能诱导与调控植物的抗病性与生长发育，本文用细菌群体感应信号分子N-3-oxo-hexanoyl-homoserine-lactone（OHHL）对拟南芥进行不同时间的处理，提取蛋白进行双向电泳分析，用蛋白组学的方法解析拟南芥响应细菌信号分子的机制。双向电泳与质谱分析共鉴定出47个点，这些蛋白中随处理时间的增加表达量上调的蛋白点数目增加，并且与植物抗氧化、物质代谢和细胞信号转导密切相关。因此通过蛋白组学分析结果可以更好的解释植物与细菌的相互作用机制，进一步利用其之间的联系来促进植物更好的生长发育。
在不同钾素供应下对药用植物短葶飞蓬（Erigeron breviscapus）进行了人工栽培试验，探讨了钾素对其生长和次生代谢产物积累的影响。结果显示：在0~0.372g/株钾素施用量范围内，钾素供应量与短葶飞蓬单株生物量以及总咖啡酸酯和灯盏乙素的产量呈极显著的正相关；但植株总咖啡酸酯和灯盏乙素的含量则随钾素供应量增加先升高后降低；总咖啡酸酯和灯盏乙素含量与植株N含量呈显著的线性负相关，与碳素/营养平衡假说一致。0~0.248g/株钾素施用量范围内，短葶飞蓬地上生物量和总生物量与总咖啡酸酯和灯盏乙素含量都呈现出极显著的正相关。研究表明：当钾供应量不十分丰富时，适当增施钾可促进植株酚类次生代谢产物的积累，但高钾供应量则抑制积累。并不是只有在生长胁迫生境中才能得到高的酚类次生代谢产物积累，生长与次生代谢产物积累间不存在权衡关系。
作为黄河三角洲关键建群物种之一，柽柳(Tamarix chinensis)在维持当地湿地生态系统平衡中起着重要作用。为更好地了解黄河三角洲柽柳居群的遗传结构和分化水平，本文利用10个ISSR分子标记，对来自三个柽柳居群的90个个体的遗传多样性进行了对比分析，结果表明：黄河三角洲的柽柳在物种水平存在较高的遗传多样性，总的多态位点百分率（P）达85%，Nei′s基因多样度(H)和Shannon′s多样性指数(I)分别为0.276和0.419；遗传变异主要存在于居群之内，居群间遗传分化程度低 (Gst=0.077, Φst=0.072)。这种遗传结构和分化格局的形成除了和柽柳的生活型、交配体系以及种子传播模式紧密相关外，可能还与其生境，特别是土壤的含盐量具有一定的关系。
A new species with two varieties, Meconopsis balangensis varieties balangensis and atrata (Papaveraceae), is described and characterized. Differences separating it from similar species are discussed and photos showing the diagnostic features are provided.
应用植物解剖学方法和荧光显微技术研究了滇黄芩(Scutellaria amoena)营养器官的解剖结构。结果表明：根的初生结构中木质部为二原型，凯氏带明显，并开始积累淀粉粒；在茎和叶维管束外有厚壁细胞群分布，较成熟的茎中厚壁细胞群连成一环。通过组织化学方法对黄酮类物质的定位研究表明，多年生根的中柱鞘及韧皮部、茎及叶的表皮和与皮层中的薄壁细胞是黄酮类物质的主要积累场所，其含量根>茎>叶。滇黄芩与同属植物黄芩(S.baicalensis)在结构和组化方面的差异主要表现为：黄芩茎中厚壁细胞群分布区域较小且未连成环，细胞壁加厚较不明显，叶中没有厚壁细胞；组化显色结果表明滇黄芩黄酮类物质含量高于黄芩。因此，深入对地方药用资源滇黄芩的研究与开发十分必要。
对6种棘豆属植物(Oxytropis)的13个居群样进行细胞学研究，其中黄花棘豆(O.ochrocephala)、绢毛棘豆(O.tatarica)、甘肃棘豆(O.kansuensis)和铺地棘豆(O.humifusa)为首次报道染色体数目(2n=16)和核型；在胀果棘豆(O.stracheyana) 中(2n=48)首次发现B染色体。现有的细胞学资料表明：棘豆属植物中多倍体占总报道数的58%，这说明多倍化在本属植物的进化过程中起着非常重要的作用，但青藏高原仅有一种植物发现多倍体，多倍化并不占主导地位，而主要表现为二倍体水平上的结构变异，即核型不对称性的变化。
基于实地调查资料，对西藏境内怒江中游河谷的特殊荒漠型植被进行了研究。结果表明：(1)22个样方中有85种维管植物，其种子植物属的分布区类型以泛热带分布为主，占21.6%；种以中国特有分布中的西南特有成分为主，占53.2%；(2)生活型谱以矮高位芽植物为主，占41.2%，地面芽植物占40.0%；(3)采用Raunkiaer频度分析，出现在10个以上样方中的物种有白刺花、垫状卷柏、芸香草和阔盖中国蕨等，频度分别是68.2%、50.0%、50.0%、45.5%；(4)根据该河谷区域的气候特点、干旱程度、群落的生态外貌特征和生活型等，并结合《中国植被》对灌丛和荒漠的划分，认为该河谷区域的植被盖度极低，不属于灌丛类型，而是非地带性的干旱河谷型荒漠植被。
苔藓植物是构成山地原生常绿阔叶林结构及景观的重要组分之一，在生态系统生物多样性的维系等方面发挥重要的生态功能。本研究以云南哀牢山中山湿性常绿阔叶林为对象，对林冠树干和林下木质残体、林地及岩石表面四类不同生长基质上苔藓植物的物种分布特征进行了调查研究，并运用Kendall一致性指数计算了各生长基质上苔藓植物物种之间的相关联程度，用聚类的方法对不同生长基质上苔藓植物物种进行了分类。研究结果表明：本区山地森林具有丰富的苔藓植物，共记录141种，分属38科69属，其中林冠树干上分布的苔藓植物的物种数量最多，为94种，林地上最少，仅29种；有27种苔藓植物同时分布在这3种以上的生长基质上。通过对不同类型生长基质之间苔藓植物种间关联程度的分析，发现在微生境的尺度上，随着优势苔藓植物种类间的关联程度的增加，苔藓植物多样性呈现出逐渐减少的趋势。
近20年来，程海水生植物种类和群落类型进一步趋于简单化，水生植被覆盖度由24%~75%变为0.2%~85%，分布最大水深虽由4.5m延伸至5.5m，分布面积却由527.8hm2缩减为73.05hm2，资源蕴藏量由4766吨降低至314.53吨。分析认为：程海南部大面积适生生境破坏、水质污染、水体富营养化、不合理放养草鱼是加剧其水生植被衰退的主要原因。提出了恢复南部湿地、削减入湖污染物、禁止投放草鱼、控制水质污染和水体富营养化等保护对策。
研究白木香种子发育进程中种子性状、萌发能力和脱水耐性的变化，以及不同光温条件对种子萌发的影响和种子的贮藏特性。结果表明：白木香种子在花后78d获得最大干重，进入生理成熟期，此时萌发率接近最大值；胚在花后57~85d，脱水耐性逐渐增强，并在花后85d获得最大脱水耐性。种子萌发的适宜温度范围为25℃~35℃，光照对种子萌发有一定的抑制作用。新鲜白木香种子（含水量27.45%）在4℃低温条件下贮藏1个月后萌发率仅为30%左右，而含水量7.38% 的干燥种子在4℃低温条件下贮藏120d，萌发率仍有53.33%，因此，4℃低温和适度脱水有利于种子短期贮藏。白木香种子能忍耐一定程度的脱水，但干燥至含水量7.50%以下时种子会发生损伤，因此推测白木香种子是一种中间性种子。
