分子系统学已被广泛用于解决物种之间的亲缘关系。迄今为止，被子植物分子系统学大都采用叶绿体和线粒体基因。但叶绿体和线粒体多数采用单亲遗传方式，不能完全记录物种的进化历史。而且叶绿体和线粒体基因相对保守，可用于系统发育重建的信息有限，很难用来解决科以下类群之间的亲缘关系。相反，核基因遵守双亲遗传方式并能提供大量信息位点，但却没有得到广泛运用。本文以十字花科为例，从17种十字花科植物中得到了5个编码蛋白的单拷贝核基因序列，采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法重建它们之间的亲缘关系。结果表明，和目前常用的基因相比，这些基因能提供更多的信息位点，由此得到的系统发育树具有很高的支持，利用最大简约法得到的5个核基因的系统树中各分支均得到了100%的自展支持率。结果表明，我们选取的核基因可以用来进行科、属及种间的系统发育重建。因此，这5个基因可以用来解决被子植物其它科内的亲缘关系，而且也可以作为DNA条形码研究的有效分子标记。
进化新征的起源和分化是进化发育生物学研究的核心问题。通过对多细胞生物早期发育调控机制的比较分析，发现亲缘关系较远的生物所共有的一些形态特征受保守的发育调控程序调节（深同源性）。许多创新性状的发生是基于对预先存在的基因或发育调控模块的重复利用和整合。发育基因调控网络在结构和功能上高度模块化，因此不仅可以通过模块拆分和重复征用改变发育程式，而且也增强了调控网络自身的进化力。研究基因调控网络和发育系统的进化动态将有助于更深入地认识生物演化过程中创新性状发生和表型进化的分子机制。
《中国植物志》和“Flora of China”是目前世界上最大型、记录植物种类最多的植物志，它为有效保护和合理利用我国的植物资源提供了极为重要的基础信息和科学依据。近年来，基于分子系统学研究提出的APG系统被广泛接受，相应方法得到的系统也相继应用于整个维管植物中。以APG系统为代表的维管植物新系统为全面和系统地修订植物志提供了新的系统框架。本文依据最新的分子系统学“线性排列”成果与《中国植物志》和“Flora of China”在科级水平上进行对比，确定了以APG系统为代表的分子系统框架下中国维管植物为309科，其中石松类和蕨类植物38科，裸子植物10科和被子植物261科。尽管中国维管植物不少科的界限发生了较大的变化，其总数却变化不大，在《中国植物志》中为300科，“Flora of China”为309科。此外，还重点介绍了一些主要科的变动情况。
花的颜色不仅在不同物种之间有着丰富的多样性，同一物种的不同居群或个体之间也有着花色的多态性，同一花中的不同器官甚至同一类型的器官也有颜色差异。了解花色多样性的形成和维持机制，有助于揭示花的演化。经典的观点认为，花色是植物提供给传粉者的视觉信号，能促进传粉和提高觅食效率。在分析花色多样性的基础上，本文介绍了4种不同的研究方法，并论述了当前解释花色多样性的3个主要假说。提出今后的研究有必要结合系统发育的分析方法，综合考虑传粉者、植食动物、物理环境等多个因子的选择作用，才能深入理解花色的多样性与演化。
利用石蜡切片及电子显微镜扫描技术，对伯乐树（Bretschneidera sinensis）不同发育阶段的叶表面表皮毛、角质层、乳突和气孔器4种附属结构进行了观察。结果显示：伯乐树叶的上、下表面和叶脉处分布着单细胞或多细胞的单列表皮毛，表皮毛的密度随着叶片的生长发育逐渐稀疏；叶片上表面覆盖着条纹状的角质层；叶片的下表面有鲜花状乳突，密度随叶片的生长逐渐稀疏；气孔仅见于下表面，气孔器类型为无规则型。伯乐树和叠珠树叶片具有相似的乳突结构，结合形态学、解剖学及分子证据，在一定程度上显示了伯乐树与叠珠树科可能存在较密切的关系；叶表面附属结构的特点反映了伯乐树对环境的长期适应。
物种界定是生物学中最基本的问题之一。近年来随着分子生物学技术的进步如分子条形码的发展，物种界定也越来越引起人们的兴趣。界定一个物种或相似的一组物种时最重要的一个原则就是选择适合的分子标记。然而，植物中广泛存在的不完全谱系筛选与种间渐渗却常常会阻碍准确鉴定物种。最近，有关基因流介导的种间渗入和物种界定在理论和实验研究中都取得了重大进展。本文综述了基因流介导的物种形成；评价了种间渐渗与不完全谱系筛选的区别；最后总结出应该利用基因流速度较快的分子标记去鉴定物种。
在群落水平上重建植物系统发育关系是当前植物系统学研究的一项重要内容；DNA条形码技术的出现为这一工作的开展提供了便利。本文选取国际通用的植物DNA条形码（rbcL，matK和psbAtrnH），对鼎湖山大样地的183个物种（隶属于24目51科110属）进行测序；分别利用两位点和三位点DNA条形码组合构建该样地植物群落的系统发育关系，并比较不同位点组合构建出的群落系统发育关系的拓扑结构和节点支持率；最后选出一个具有最好拓扑结构和最高节点支持率的鼎湖山大样地群落系统发育关系。在目、科和属这三个水平上，三位点条形码片段组合构建的群落系统发育关系与APG系统获得较好匹配；有些进化分支在相应的APG系统位置解决得不好，却在条形码序列构建的系统发育关系中得到了较好解决。表明综合使用不同进化速率的DNA条形码片段并采取三位点超级矩阵的组合策略，在未采用APG系统大框架的情况下，也能快速而又相对准确地构建出鼎湖山南亚热带森林植物群落的系统发育关系。
通过对1500余份标本的测量和统计，结合文献和野外考察，选取了30个形态学性状，对卫矛属（Euonymus）刺果卫矛组（sect. Echinococcus）13个种进行了数量分类学分析。聚类分析结果表明，美国卫矛（E.americanus）和陈谋卫矛（E.chenmoui）的亲缘关系最近，不支持Blakelock将本组划分为两个系的观点。本组中系统位置有争议的物种：厚叶卫矛（E.hemsleyanus）与紫刺卫矛（E.angustatus）、棘刺卫矛（E.echinatus）和无柄卫矛（E.subsessilis）、刺猬卫矛（E.hystrix）和蒙自卫矛（E.mengtseanus）、刺果卫矛（E.acanthocarpus）和腾冲卫矛（E.tengyuehensis），在聚类图中显示出较远的亲缘关系，通过方差分析对这些物种间有较明显差异的性状进行进一步分析。结果表明，这些物种在叶尖角度、叶长、侧脉与主脉的夹角、花序梗长等性状上均具有显著差异。分析结果支持将蒙自卫矛与腾冲卫矛排除出刺果卫矛组，支持厚叶卫矛和紫刺卫矛作为独立的种，由于在交叉分布地域没有足够的研究资料，棘刺卫矛和无柄卫矛的系统位置有待进一步确认。因子分析结果表明，本实验所用性状间的独立性较强，叶长、侧脉与主脉的夹角、花序分支数、果实带刺的长度等18个性状在本组中具有重要的分类学意义。
生物入侵是当今各国发展的一大挑战，特别是像中国这样的发展中国家。然而，我们对外来入侵种的本底资料还很不清楚，更缺乏相关的深入调查；对生物入侵所造成的生态和经济影响还没有引起足够的重视，同时也忽视了盲目引种可能带来的各种危害。本文在文献调研的基础上，从外来植物的入侵历史和文化、中国外来入侵植物的调查现状、外来植物入侵对生态安全及经济的影响等方面进行了全面系统的总结，并提出了中国外来入侵植物研究领域存在的问题及应对措施。
