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草业科学 ›› 2024, Vol. 41 ›› Issue (09): 2035-2045.

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黍子SRS基因家族的全基因组鉴定与表达分析

李佳祯, 杨梦珂, 宋晓涵, 王月, 王禹茜, 王世纪, 张美春, 邓欣, 王红艳   

  1. 辽宁大学生命科学院植物表观遗传与进化实验室
  • 出版日期:2024-09-15 发布日期:2024-09-15
  • 基金资助:
    国家自然科学基金项目(31100172); 辽宁省科技厅自然科学基金计划面上项目(2022-MS-174); 辽宁省教育厅重点攻关项目(JYTZD2023067); 辽宁省博士科研启动基金计划项目(2021-BS-082)

  • Online:2024-09-15 Published:2024-09-15

摘要: 植物特异性SHI-related sequence (SRS)转录因子在调控植物生长发育、激素生物合成和胁迫反应中起着至关重要的作用。本文研究了黍子(Panicum miliaceum) SRS基因家族(PmSRS),利用生物信息学方法分析了PmSRS的结构和功能,并通过转录组数据分析SRS基因在黍子不同组织和不同成熟阶段的基因表达水平。共鉴定出13个PmSRS,根据系统发育关系分为6个亚家族,且同一亚家族中的PmSRS成员包含相似的基因结构和基序组成。发现在PmSRS基因的启动子区存在39种与植物生长发育、植物激素、胁迫及光响应相关的顺式作用元件。此外,PmSRS5、PmSRS6可能在黍子生长时期发挥主要作用。本研究提供了黍子SRS基因家族的综合信息,有助于研究SRS基因的功能,并为黍子的分子改良提供了理论依据。

关键词: 生物信息学分析, 比较基因组学, 系统发育分析, 保守结构域, 转录组, 黍子

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